Politeknik Bumi Akpelni merupakan perubahan bentuk dari Akademi Pelayaran Niaga Indonesia, dimana Akademi Pelayaran Niaga Indonesia sendiri pada awalnya merupakan suatu lembaga pendidikan yang berdiri dibawah naungan Yayasan Pengabdi Pancasila. Yayasan tersebut disahkan dengan Akta Notaris Gondowiryo Semarang No. 29 pada tanggal 20 Juli 1964, dan beralamat di Jl. Dr. Wahidin No. 78 Semarang.

Adapun tujuan pendirian yayasan adalah untuk mengembangkan pendidikan dari tingkat menengah (SMU/SMK) sampai tingkat perguruan tinggi. Dimana mempunyai 4 (empat) Program studi yaitu : Nautika, Teknika, Ketatalaksanaan Pelayaran Niaga dan Kepelabuhan, dan Transportasi Laut. Selain itu juga menyelenggarakan pendidikan dan latihan Diklat Keterampilan Khusus beberapa sertifikasi diantaranya BRM, ERM, ECDIS, RADAR & ARPA, GMDSS, ORU, SAT, SDSD, SSO, MC, MEFA

Awal kepemimpinan Akpelni dipercayakan kepada Prof. SUDARTO, SH (alm) sebagai Direktur dengan dibantu oleh beberapa dosen dari berbagai Instansi. Kantor Sekretariat berada di Jl. MT Haryono No.527 Semarang, dan perkuliahan diselenggarakan di STN III/IV Jl. Dr. Cipto 121 dan SMA Institut Indonesia Jl. Maluku. Atas prakasa bapak Mayor laut MARGONO dari PN Djakarta Lloyd, pada tanggal 1 Maret 1965 telah diadakan upacara serah terima pembinaan AKPELNI yang pengelolaannya diserahkan kepada Induk Koperasi Angkatan Laut (INKOPAL) di Jakarta.

Pada tanggal 6 November 1967, AKPELNI telah terdaftar pada Lembaga Pendidikan Direktorat Perhubungan Laut dengan No. 724/TKP/Pend/1967. AKPELNI pada tahun 1968 telah mengadakan ujian Negara untuk Angkatan 1. Atas saran dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI bahwa untuk terdaftar pada Direktorat Jenderal Perguruan Tinggi syarat utamanya harus ada Yayasan Pembina PTS, maka atas prakarsa Prof. Sudarto, SH pada tanggal 21 Februari 1973 terbentuklah Yayasan Wiyata Dharma yang disahkan Notaris Raden Mas Soeprapto dengan Akta No. 52 dan yang bertindak sebagai Ketua adalah Soedarto,SH.

Tanggal 28 Juni 2011 penerapan sistem manajemen mutu di AKPELNI memperoleh sertifikat ISO sesuai persyaratan dalam ISO 9001 : 2008 dari SAI Global dengan nomor QEC25694. AKPELNI memperoleh akreditasi institusi “B” dari BAN PT berdasar SK No. 71/SK/BANPT/Akred/PT/IV/2018. Dan akhirnya berdasar Keputusan Menteri Riset, teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia nomor 1292/KPT/I/2018 AKPELNI resmi berubah bentuk menjadi Politeknik Bumi Akpelni pada tanggal 31 Desember 2018

Jabatan direktur sekarang telah diserahkan kepada Capt. Cahya Fajar Budi Hartanto, M.Mar., M.Si berdasar SK Yayasan Wiyata Dharma No. SKEP/008/YWD/IV/2019 tanggal 30 April 2019. Politeknik Bumi Akpelni mendapat ijin menyelenggarakan Program Studi S1 Terapan Transportasi Laut melalui Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 650/KPT/I/2019 tertanggal 26 Juli 2019 tentang izin Pembukaan Program Studi Transportasi Laut Program Sarjana Terapan yang Diselenggarakan oleh Yayasan Wiyata Dharma yang diserahkan pada tanggal 5 Agustus 2019